Uma venda na loja A baixa o estoque da loja B?

Não. A venda baixa o estoque da loja em que foi feita. Em cada venda, o sistema usa a loja do caixa.

Como vejo o estoque de todas as lojas juntas?

Em Estoque, Estoque atual, o filtro de loja começa em "Todas as lojas". Ao abrir um produto, você vê o saldo dele em cada loja.

Qual a diferença entre envio e transferência?

O envio acompanha a mercadoria em trânsito: a saída é lançada na loja de origem quando ela sai, e a entrada, na loja de destino, quando chega. A transferência é uma operação de estoque instantânea.

Quem pode registrar uma transferência?

Quem tem acesso às duas lojas: o administrador ou um usuário com as duas lojas liberadas. Um funcionário com acesso a só uma das lojas consegue consultar, mas não criar nem receber.

Cada loja precisa de um cadastro de produtos separado?

Não. O cadastro de produtos é um só para a empresa. O que muda de loja para loja é o saldo em estoque.

Como controlar estoque em mais de uma loja?

Resposta curta: com mais de uma loja, use um sistema que guarde o saldo de cada produto em cada loja, registre cada transferência entre elas e mostre a visão da rede inteira. O NexaLoop faz isso no plano Rede, para duas lojas ou mais: um cadastro de produtos só, um saldo por loja, envios e transferências entre lojas e uma tela com o estoque de todas. Ele não faz a decisão de quanto transferir: isso continua com você.

O que você precisa, use o sistema que for

Um saldo por produto e por loja, não um número único para a rede.
Venda que baixa o estoque da loja certa.
Transferência registrada, com saída na origem e entrada no destino, e não uma correção manual dos dois saldos.
Visão de todas as lojas num lugar só.
Acesso por loja, para cada equipe mexer no que é seu.

Como o NexaLoop resolve

Saldo por loja. Cada produto tem, em cada loja, o saldo em estoque, o reservado e o disponível.
Venda na loja certa. A venda reserva e baixa o estoque da loja do caixa. Quem trabalha em mais de uma loja escolhe a loja atual no topo da tela.
Visão da rede. Em Estoque, Estoque atual, o filtro de loja começa em "Todas as lojas". Cada produto mostra o saldo por loja. No painel inicial, uma tabela por loja aparece para quem vê todas as lojas.
Envio entre lojas. Em Estoque, Envios, o envio passa por rascunho, confirmado, enviado e recebido. A saída é lançada na origem quando o envio sai, e a entrada, no destino, quando ele é recebido.
Transferência instantânea. Em Estoque, Operações, a transferência move o saldo de uma loja para outra de uma vez.
Acesso por loja. Cada usuário vê e mexe só nas lojas liberadas para ele (veja o post sobre acesso por loja).

Exemplo

Exemplo: uma rede de duas lojas. A loja 1 tem 10 unidades de um produto e a loja 2 tem 2. O gerente registra um envio de 4 unidades da loja 1 para a loja 2. Quando a mercadoria sai, o saldo da loja 1 cai para 6. Quando a loja 2 recebe, o saldo dela sobe para 6. Uma venda feita na loja 2 baixa só o saldo da loja 2.

O que isto não faz

Não decide quanto transferir nem sugere reposição entre lojas.
Não deixa um funcionário que só tem acesso à loja de destino criar, enviar ou receber uma transferência: todas essas ações exigem acesso às duas lojas.
Não separa o cadastro de produtos por loja: o cadastro é um só.
Não funciona sem internet.